Účetní program pro firmy i OSVČ 2026 — cloudové účetnictví

Úvod

Proč v roce 2026 řeší účetnictví každá rostoucí firma

Účetnictví v Česku se v roce 2026 mění rychleji než kdykoli za poslední dekádu. Od 1. 1. 2024 platí jen dvě sazby DPH (21 % a 12 %) místo původních tří, od 1. 4. 2026 nahrazuje samostatné přehledy ČSSZ a zdravotních pojišťoven Jednotné měsíční hlášení zaměstnavatelů (JMHZ), 1. 1. 2026 padla papírová podání pro OSVČ a od 1. 1. 2027 se vrací povinné EET 2.0. Pokud váš účetní program neumí všechna tato podání elektronicky, jste v problému dříve, než se nadějete.

Druhá vrstva problému je technologická. 170 000 firem v Česku stále jede Pohodu jako desktopovou aplikaci s ročním placením SERVISu. 100 000 dalších firem používá Money S3. Cloudové alternativy (Fakturoid, iDoklad, ABRA Flexi) zvládají fakturaci, ale pro plnohodnotné účetnictví s mzdami, sklady a kontrolním hlášením je třeba platit per-user licence, které u 5 uživatelů přerostou 59 700 Kč/rok.

AutoERP řeší obojí — cloudové účetnictví napojené na sklad, výrobu, CRM a fakturaci v jednom systému, za 3 450 Kč/měsíc flat bez per-user licencí. Účetní modul v AutoERP připravujeme na Q3 2026; do té doby napojíme stávající Pohodu nebo Money S3 přes ISDOC, datovou schránku a XML feedy. Tento průvodce vás provede tím, jak v roce 2026 vybrat účetní software, který vám vydrží další 5 let — bez ohledu na to, jestli začínáte jako OSVČ nebo již rostete přes 50 zaměstnanců.

Účetnictví v Česku má specifika, která většinu globálních cloudových řešení (QuickBooks, Xero, FreshBooks) vyřazují. ČR potřebuje DPH 21 %/12 %/0 %, kontrolní hlášení, ISDOC, datovou schránku, JMHZ, paušální daň, daňovou evidenci, dvojí mzdové odvody (sociální + zdravotní), ELDP a od 2027 EET 2.0. Ani jeden mezinárodní vendor toto nezvládá z krabice — všichni jsou orientováni na anglosaské nebo německé právo. Proto vyhrává v Česku lokální Pohoda, Money S3, ABRA, Helios a nyní cloudoví hráči AutoERP a iDoklad.

Definice

Co je cloudové účetnictví a jak se liší od desktopové Pohody

Cloudové účetnictví je účetní software provozovaný v datovém centru poskytovatele, ke kterému přistupujete přes webový prohlížeč nebo mobilní aplikaci. Vy jako uživatel neinstalujete nic — žádný klient, žádný server, žádné lokální databáze. Aktualizace se nasazují centrálně, zálohy běží automaticky, přístupy řešíte rolemi a celá firma pracuje nad stejnými daty v reálném čase. To je první podstatný rozdíl proti desktopovému programu typu Pohoda Mini nebo Money S3, kde data leží na lokálním PC nebo síťovém disku v kanceláři.

Druhý rozdíl je v licenčním modelu. Desktopová Pohoda stojí jednorázově 19 980 Kč za edici Komplet plus 5 390 Kč za roční SERVIS, který je v podstatě povinný pro legislativní aktualizace. Pětileté TCO Pohoda Komplet NET5 se tak pohybuje kolem 95 000 Kč. Cloudové účetnictví se účtuje měsíčně nebo ročně bez vstupní investice. AutoERP stojí 3 450 Kč/měsíc flat bez ohledu na počet uživatelů, což za 5 let dělá 207 000 Kč.

Třetí rozdíl je v přístupu — cloud zvládáte z kanceláře, z domova, z výroby i z mobilu na cestách. Účetní vidí faktury okamžitě po vystavení, manažer si zkontroluje cash flow před schůzkou, sklad načte dodací list bez čekání na export. Desktop tohle neumí ani v multi-user variantě, protože data se synchronizují přes lokální síť a vzdálené přihlášení vyžaduje VPN nebo Remote Desktop server, který musí někdo spravovat.

Čtvrtý rozdíl je v aktualizacích. Když 1. 1. 2024 zanikla snížená sazba 15 % a sazba 10 % byla nahrazena 12 % (zákon č. 349/2023 Sb.), cloudoví poskytovatelé měli novou matici DPH aktivní 1. 1. v 0:00. Desktopová Pohoda potřebovala SERVIS aktualizaci od Stormware, kterou musel zákazník mít zaplacenou. Zaměstnavatel, který nebyl na novou sazbu připravený k 1. lednu, vystavoval faktury se starou sazbou a riskoval pokuty z DPH. Cloud tento problém eliminuje — aktualizace je vždy součástí měsíčního tarifu.

Účetní vs fakturační program

Jaký je rozdíl mezi účetním a fakturačním programem v roce 2026

Fakturační program je software, který vystavuje a eviduje faktury, hlídá splatnosti a posílá upomínky — účetní program navíc vede celé účetnictví: peněžní deník nebo podvojné účetnictví, DPH přiznání, kontrolní hlášení, mzdy a evidenci majetku. Fakturační nástroj (Fakturoid, iDoklad fakturace, AutoERP fakturační generátor) řeší doklady na výstupu; účetní program (Pohoda, Money S3, AutoERP) zpracuje celý účetní rok až po přiznání. Pro OSVČ na paušální dani nebo s daňovou evidencí obvykle stačí fakturační program, s.r.o. a firmy s podvojným účetnictvím potřebují plnohodnotný účetní software.

Daňová evidence vs účetnictví

Daňová evidence nebo podvojné účetnictví — co musíte vést?

České právo rozlišuje dva základní režimy vedení záznamů o příjmech a výdajích. Volba mezi nimi není svobodná — záleží na právní formě podniku, výši obratu a registraci k DPH.

Pozor: paušální daň podle § 7a zákona č. 586/1992 Sb. je třetí možnost — OSVČ s ročním příjmem do 2 mil. Kč nemusí vést ani daňovou evidenci, jen archivuje doklady o příjmu. Detaily v paušální dani 2026.

Persony

Pro koho je cloudový účetní program v roce 2026

DPH a kontrolní hlášení

DPH 2026 — sazby, prahy a kontrolní hlášení v účetním programu

Od 1. 1. 2024 platí v Česku pouze dvě sazby DPH — základní 21 % a snížená 12 %. Historické sazby 15 % a 10 % byly zrušeny zákon č. 349/2023 Sb.. Účetní program musí umět tyto sazby aplikovat na položky faktur, počítat DPH přímou metodou (§ 37 zákona č. 235/2004 Sb., základ × sazba zaokrouhleno na celé Kč) a generovat doklady s povinnými náležitostmi podle § 29 zákona č. 235/2004 Sb..

Od 1. 1. 2026 se mění práh pro povinnou registraci k DPH — z původních 2 mil. Kč klouzavého obratu za 12 měsíců na 2 000 000 Kč za kalendářní rok (https://www.businessinfo.cz/clanky/pozor-na-zmeny-v-dph-nektere-plati-od-1-ledna-2026-co-museji-podnikatele-udelat/). Při překročení 2 536 500 Kč (cca 100 000 EUR) jste plátcem DPH bezprostředně dnem překročení, nikoli až od dalšího měsíce.

Kontrolní hlášení DPH je měsíční (čtvrtletní u FO neplátců se zaměstnanci) elektronické podání, které obsahuje detail všech tuzemských plnění mezi plátci nad 10 000 Kč. Účetní program ho generuje ve formátu XML přímo z evidence vystavených a přijatých dokladů — pokud váš software toto neumí, čeká vás ruční přepisování v EPO a riziko neshod ve správě daně. AutoERP podporuje export do XML kompatibilního s aplikací EPO Finanční správy.

Při přenesené daňové povinnosti (reverse charge) podle § 92e zákona č. 235/2004 Sb. se pro stavební a montážní práce mezi plátci faktura vystavuje bez DPH a obsahuje text „Daň odvede zákazník“. Výpočet a odvod DPH státu zajišťuje odběratel ve svém daňovém přiznání. Účetní program musí mít checkbox pro tento režim a generovat odpovídající záznam v kontrolním hlášení (oddíl A.1).

Mzdy a personalistika

Mzdy a JMHZ od 1. 4. 2026 — co musí účetní program zvládnout

Od 1. dubna 2026 nahrazuje samostatná podání ČSSZ a zdravotních pojišťoven jediný formát Jednotné měsíční hlášení zaměstnavatelů (JMHZ) zavedené zákon č. 323/2025 Sb.. Hlášení se podává elektronicky přes datovou schránku nebo APEP/VREP nejpozději do 20. dne následujícího měsíce. První zákonná lhůta byla pro období leden-březen 2026 a běží do 30. 6. 2026; od dubna pak měsíčně.

Účetní/mzdový program musí umět JMHZ vygenerovat v XML schématu publikovaném MPSV a odeslat ho přes datovou schránku nebo přes APEP/VREP API. Pokud váš software toto k 1. 4. 2026 neumí, hrozí pokuty za pozdní podání. Většina cloudových řešení (AutoERP, Money cloud, Pohoda mPohoda) má JMHZ připraveno; desktop Pohoda dostává podporu přes SERVIS aktualizaci, kterou musíte mít zaplacenou.

Mzdový modul řeší kromě JMHZ i ELDP (evidenční list důchodového pojištění), e-Neschopenku, výpočet čisté mzdy z hrubé, zákonné odvody (sociální 24,8 %, zdravotní 9 % zaměstnavatel), srážkovou daň, exekuce, stravenkový paušál, ELDP roční zpracování a daň z příjmů ze závislé činnosti. Pro malou firmu do 10 zaměstnanců je toto měsíčně 4-8 hodin práce, kterou účetní program zkrátí na 30 minut.

Specifika roku 2026 pro mzdy: minimální mzda od 1. 1. 2026 stoupla na zhruba 21 000 Kč hrubého (přesná částka ve vyhlášce MPSV), průměrná mzda pro výpočet zdravotního pojištění OSVČ vychází z dat ČSÚ za 1. čtvrtletí 2025. Sleva na poplatníka stále 30 840 Kč/rok, sleva na manželku 24 840 Kč/rok (při příjmu manželky do 68 000 Kč/rok). Stravenkový paušál do 116 Kč na směnu osvobozený od daně. Tyto parametry musí účetní program automaticky aktualizovat — u Pohody přes SERVIS aktualizaci, u cloudových řešení (AutoERP, ABRA Flexi) okamžitě po publikování zákona.

Elektronická fakturace

ISDOC, datová schránka a B2G fakturace 2026

ISDOC (Information System Document) je český XML formát pro elektronickou fakturaci, který od 2018 používá Finanční správa, ČNB i většina veřejných zadavatelů. Pro B2G fakturace (faktury veřejné správě) je ISDOC povinný — papírová ani PDF faktura úřadům nestačí. Účetní program musí umět ISDOC export i import: export pro odeslání odběrateli, import pro načtení přijaté faktury bez ručního přepisování.

Datová schránka je od 1. 1. 2023 povinná pro všechny OSVČ a od 1. 1. 2026 jediný způsob, jak podávat přehledy ČSSZ a zdravotním pojišťovnám (papírové formuláře byly tímto datem zrušeny). Účetní program by měl umět odesílat přiznání DPH, kontrolní hlášení, daň z příjmů a JMHZ přímo do datové schránky bez nutnosti přihlašování přes web Czech POINT.

Pro B2B fakturace v EU je doporučeným formátem PEPPOL BIS Billing 3.0 (od 1. 1. 2025 pro státní správu povinný v Itálii a Polsku, postupně ostatní státy). AutoERP fakturační generátor zatím podporuje ISDOC; PEPPOL plánujeme na Q4 2026 spolu s otevřením EU verze.

Konkrétní použití ISDOC v účetním programu vypadá takto: dodavatel vystaví fakturu v účetním programu, ten ji exportuje jako XML soubor v ISDOC schématu, soubor se přiloží jako samostatná příloha vedle PDF k e-mailu odběrateli. Odběratel ISDOC importuje do svého účetního programu jedním kliknutím — všechny položky, daně, čísla účtů a IČO se vyplní automaticky. Žádné ruční přepisování, žádné chyby z překlepů, žádné chybějící DUZP.

Vícestrojná měna

Multi-currency a kurzy ČNB v účetním programu 2026

Pokud fakturujete do EU nebo přijímáte platby v jiných měnách než CZK, účetní program musí umět vícestrojnou měnu. Daňový doklad pro plátce DPH vystavený v EUR se v účetnictví musí přepočítat na CZK pomocí kurzu ČNB platného v den DUZP (datum uskutečnění zdanitelného plnění). Účetní program automaticky stáhne aktuální kurz z ČNB API a aplikuje ho na fakturu — ručně by toto bylo časově náročné a chybové.

Pro účetní jednotky, které vedou účetnictví, je dostupný i koncept funkční měny — primární měna účetnictví. Většina českých firem používá CZK jako funkční měnu. Některé firmy s majoritním exportem (typicky IT firmy fakturující v USD) přejímají USD jako funkční měnu, což má smysl pro reporting do mateřské společnosti. AutoERP podporuje multi-currency s automatickým přepočtem ČNB kurzem, ABRA Flexi a Pohoda Profi také. Money S3 multi-currency má jen v cloudovém doplňku.

Reverse charge mezi plátci v EU (B2B mimo ČR) funguje podle čl. 138 směrnice 2006/112/EC — fakturujete bez DPH, odběratel si DPH samozdaní v vlastním státě. Účetní program musí mít VIES validaci DIČ odběratele (jinak hrozí ručitelská povinnost) a hlášení Intrastat při překročení 15 000 000 Kč obratu zboží. Práh Intrastatu byl od 1. 1. 2026 zvýšen z 12 mil. Kč na 15 mil. Kč.

Srovnání

Účetní programy 2026 — Pohoda, Money, Fakturoid, AutoERP

Tabulka srovnává klíčové parametry pro firmu se 3-10 zaměstnanci, plátce DPH, s běžnými agendy fakturace, sklad, mzdy.

Migrace

Migrace z Pohody, Money S3 nebo Fakturoidu — krok za krokem

Přechod z desktopového účetního programu do cloudu se obvykle dělá k 1. lednu nového roku, aby se nemíchaly období. Kratší migrace (k 1. 7. nebo k jakémukoli prvnímu dni měsíce) je technicky možná, ale účetně náročnější.

Ceny

Kolik stojí účetní program v roce 2026 — reálné TCO

Pětileté TCO (Total Cost of Ownership) je férový měřič — zahrnuje vstupní licenci, povinné aktualizace, hosting, hardware a počet uživatelů. Reklamní ceny „od X Kč“ obvykle počítají jen měsíční tarif bez aktualizací a bez přidaných modulů.

Integrace

Integrace účetního programu — banka, e-shop, CRM

Moderní účetní program neexistuje izolovaně — musí se napojovat na ostatní systémy ve firmě. Bankovní konektor automatizuje párování plateb s vystavenými fakturami. Stačí zadat IČO odběratele a banka pošle XML výpis přes API. Účetní program rozpozná variabilní symbol, najde odpovídající fakturu a označí ji za zaplacenou. Bez bankovního konektoru tato práce zabere několik hodin měsíčně. AutoERP podporuje FIO API, KB MultiCash, ČSOB ABO format, Air Bank API, Raiffeisenbank API a Komerční banka K-link.

E-shop integrace je zásadní pro firmy, které prodávají online. Místo ručního přepisování objednávek z e-shopu do účetnictví se objednávka rovnou zaúčtuje, vytvoří se faktura, odešle se PDF zákazníkovi a stav skladu se sníží. AutoERP nativně integruje Shoptet, WooCommerce a od Q4 2026 plánuje vlastní e-shop platformu. Pro Shopify je k dispozici REST API integrace.

CRM integrace propojuje obchodní aktivity (poptávky, nabídky, schůzky) s účetnictvím (faktury, platby). Když obchodní zástupce vystaví nabídku v CRM, schválí ji manažer a klient ji akceptuje, automaticky se v účetnictví vystaví faktura a obchodní příležitost se uzavře jako vyhraná. AutoERP má CRM v ceně tarifu; alternativy jako Pohoda + Pipedrive vyžadují integraci přes Zapier nebo na míru.

REST API je dnes standard. Účetní program by měl umožnit programatický přístup ke všem datům (faktury, doklady, sklad, mzdy) přes HTTPS s autentikací OAuth 2.0 nebo API klíčem. Bez API se každá změna v souvisejícím systému řeší ručním exportem a importem CSV — což funguje, ale brzdí firmu v růstu. AutoERP má REST API od prvního dne, ABRA Flexi také, Pohoda jen přes mPohoda Connect doplněk.

Compliance & Bezpečnost

GDPR, audit trail a bezpečnost dat v účetním programu

Cloudové účetnictví zpracovává osobní údaje (jména, adresy, rodná čísla zaměstnanců, čísla účtů). Provozovatel musí být GDPR compliant — datové centrum v EU, šifrování v klidu i v přenosu, oddělené tenanty, smlouva o zpracování osobních údajů (DPA) a evidence příjemců dat. AutoERP provozuje vlastní servery v ČR, data nikdy neopouštějí EU.

Audit trail (auditní stopa) je povinný podle zákon č. 563/1991 Sb. o účetnictví pro podvojné účetnictví — každá změna účetního zápisu musí být dohledatelná, kdo a kdy ji provedl. Zrušené doklady nesmí mizet ze systému, jen být označeny jako stornované. Toto je technický požadavek, který Excel ani Google Sheets nezvládají.

Zálohy by měly být minimálně denní s 30-90denní rotací a možností bod-in-time recovery. Klíčové je oddělení záloh od produkce (jiné datové centrum nebo offsite copy) — pokud někdo smaže databázi, musíte mít kam sáhnout. AutoERP zálohuje každých 6 hodin do druhého datacentra.

Pro plátce DPH platí navíc povinnost archivovat daňové doklady 10 let podle § 35 zákona č. 235/2004 Sb. (10 let) ve formě, která zajistí věrohodnost původu, neporušenost obsahu a čitelnost. Elektronická archivace je rovnocenná papírové, pokud je dokument opatřen kvalifikovaným elektronickým podpisem nebo časovým razítkem. AutoERP standardně přidává časové razítko ke každé vystavené faktuře a archivuje doklady ve formátu PDF/A — formátu schváleném pro dlouhodobou archivaci podle ISO 19005.

Související

Pokračujte do dalších oblastí